A CAIXA, por força de lei, é substituta tributária dos impostos e contribuições federais de acordo com o Anexo I da IN RFB 1.234/2012 e, em alguns municípios, do ISS, devendo proceder à retenção dos mesmos e efetuar o repasse aos entes tributantes.

Os impostos e contribuições deverão ser destacados na Nota Fiscal (que deverá ter o valor exato da prévia), mas não poderão ser descontados do valor total. A retenção dos tributos previstos na legislação tributária, na fonte, é feita a cada pagamento. São eles: IR, CSLL, Cofins, PIS/PASEP e  ISSQN (municipal).

b) Retenção de INSS, IR e ISSQN em Pagamentos de Pessoa Física

A CAIXA também é responsável por reter a cada pagamento, na fonte, INSS, IR (dependendo do valor a pagar de acordo com a tabela progressiva da Receita) e ISSQN.

Em ambos os casos, os Credenciados que tiverem alguma condição diferente de tributação ou isenção devem comprovar ao Saúde Caixa no credenciamento ou quando da mudança no regime/concessão da isenção.